Bedrijven die gebruik maken van de WBSO en de RDA moeten voldoen aan een aantal verplichtingen, zoals het bijhouden van een administratie. Ook moeten zij de werkelijk gerealiseerde S&O-uren en eventuele kosten en uitgaven aan Agentschap NL melden.
Het niet of niet tijdig melden van het aantal gerealiseerde S&O-uren kan onder meer leiden tot een boete voor de WBSO.
In de Staatscourant van woensdag 4 december 2013 zijn de beleidsregels voor het opleggen van bestuurlijke boeten voor de S&O-afdrachtvermindering gepubliceerd.
Voor WBSO en RDA zie de Investeringsregelingen en – subsidies.